El Gobierno Departamental o Intendencia de San José, se encuentra entre los 5 departamentos, excluyendo a Montevideo, que generan más ingresos propios. En el caso de San José, el 61% de sus ingresos para solventar sus gastos e inversiones, son generados por la economía departamental misma y el 39 % son transferencias de recursos del gobierno nacional.
Los otros 4 departamentos que más ingresos propios obtienen son: Rocha que genera el 63% de sus ingresos, Colonia el 69%, Canelones el 77% y Maldonado el 84%, recibiendo, respectivamente, transferencias nacionales por 37%, 31 %, 23% y 16%.
Las transferencias nacionales de recursos se hacen en función de coeficientes que se fijaron en el año 2006, cuando Montevideo comenzó a recibir este tipo de recursos.
Hay 3 tipos de transferencias de fondos nacionales a las Intendencias: los del art. 214 de la Constitución, que no están sujetos a condición, los FDI que están condicionados a un objetivo específico y el Fondo de Asimetrías, que comenzó en 2020 y que se destinan a reducir las asimetrías económicas de los distintos departamentos y de los que están excluidos Maldonado, Montevideo, Colonia, Canelones y Soriano.